李渊派人到庆州不久，杨文干竟然真的起兵。李渊大怒，派李世民到庆州平叛，临行之前，李渊对李世民道：“此次你若得胜归来，我将立你为太子。你大哥虽有大错，但骨肉至亲，我不能效仿一些帝王，诛杀亲子。我将改封你大哥为蜀王，若他再有异动，蜀兵孱弱，易于讨伐，你也不必多忧。”
事情越来越不利于李建成，事情发展如此之快，李元吉不由疑窦丛生，他与齐王府重臣商议之后，皆认为有人借机诬陷太子，而更可怕的是，□□与此事怕是脱不了干系。幼时李建成一直维护李元吉，李渊在晋阳之时，也是李建成在河东照顾家人。李渊晋阳起兵，李建成带着李元吉，一路躲避官兵，历尽艰辛，几个月才从河东到了晋阳。事情紧急，李元吉不顾李渊的警告，再去求见父亲。
李渊果然大怒：“事到如今，你还有什么话说？”
李元吉道：“此事疑点甚多…….杨文干谋反，难道一定和大哥有关？谁知道有没有人借此机会大做文章，劝反了杨文干呢？若是臣子有了过失，父亲尚且派人审讯盘查，事关大哥，父亲更要明察秋毫才是。”
李渊痛楚道：“难道我还没有查？我之所以没有处置建成，难道不是希望事情有转机？纵然现在杨文干真的反了，我也只是继续关押他而已。”他叹口气，颓然道，“你下去吧。”
李元吉没有走，他听出父亲语中的不忍，反而觉得更要多说几句：“父亲，儿臣听说，是东宫尔朱焕和桥公山来向父亲告密，是为了大唐社稷还是另有隐情？儿臣还听说，父亲在派人审讯他们，可是过了这么久，他们还是不招，父亲何不更换主审，再行审问。”尔朱焕和桥公山一口咬定是不忍眼见李建成作乱，才前往仁智宫告密，这样的话李元吉自然不信，只是他们如果始终不肯招供，恐怕多有麻烦。不过，他与李建成走得太近，这件事他也要避嫌，不可能让他参与审讯，但是一些提议还是可以说与李渊。
李渊目光如炬，紧紧盯着李元吉：“什么叫听说？我都已经说过了，不让你参与此事，你这么快就忘记了？你最好安分些，我这也是为了你好。”话到最后，李渊已经完全没有了气势，简直是叹息了。他也担心李元吉为帮李建成脱罪，做出什么出格的事情。他已经关押了一个儿子，再也狠不下心关押另一个了。
李元吉低声道：“父亲，事情是我李家的事情，儿臣当然要放在心上。儿臣求见父亲，只是帮忙出出主意而已。父亲可还记得，起兵那一年，大哥带着儿臣，一路走山涧溪谷才到了晋阳。若不是大哥照顾，儿臣那还能回到晋阳？父亲，大哥的仁心天地可鉴，是断不会做出这等人神共愤之事。”
李元吉见李渊有些动容，便退了出去。他又走到李建成的关押所在，侍卫依然不许他进入。李元吉不肯离开，恰好看到有人送了膳食过来，便命人打开食盒，谁知里面只是些凉水粗粮！李元吉大吃一惊，又绕回去去找李渊。
李渊这次有些不耐烦了：“就算谋反是假，私送盔甲也是错，让他吃点苦头难道还委屈他了？”
李元吉实在想不到父亲会这样为难自己的大哥，他俯身跪下，叩首道：“父亲，儿臣不会干涉父亲查处此事，但是愿与大哥同甘共苦，父亲若执意不肯改进大哥的膳食，儿臣情愿不再进食，陪着大哥。”
李渊勃然大怒，他将案几的杯子摔得粉碎：“随便你！”
李元吉回到寝殿，韩慕青见他神色凝重，知道事情不妙，柔声道：“殿下，先用膳吧。”
李元吉看她一眼：“我刚和父亲说了，如果父亲只让人送一些难以下咽的东西给大哥，我情愿饿着。”
韩慕青撇撇嘴：“殿下现在还闹这种小脾气，恐怕这次要白白挨饿了。都已经这么乱了，妾身不相信陛下还有心思去管齐王殿下用不用膳，殿下还是好好用膳吧，没有人会取笑殿下。”
李元吉不理会她，他走到床边躺下：“别再和我说话了，说话也要费力气。我从现在起，就躺在床上，省点力气。”
韩慕青走到床边，贴近李元吉道：“殿下要不要偷偷用些点心，妾身不说，不会有人知道的。”
李元吉不屑道：“收起你的馊主意。你也太小瞧我了，这点气节我会没有？”他侧身向里，不再搭理韩慕青。
李元吉日间去找了李渊两次，李渊虽然有些厌烦，却觉得他的话也不无道理，尔朱焕和桥公山久不招供，主审官难辞其咎。此事实在关系重大，尚需可靠精干之人。李渊遂派中书令杨恭仁，封伦再审尔朱焕和桥公山。
万贵妃听说了李元吉绝食一事，不免担心，夜间她劝说李渊道：“太子仁义，以臣妾之见，太子断不会做出这等糊涂事。”
李渊道：“若是往昔，朕也不会相信建成会做出大逆不道之事，只是今日，李家已一统天下，他是否心有异动，这就难说了。”
万贵妃摇摇头：“才几年工夫，太子难道会性情大变？太子只身前来仁智宫，就可见太子对陛下忠心不二。”
李渊摆摆手：“还是不要提这件事了。”
万贵妃性情恭顺，便不再提李建成。她略一沉吟，道：“臣妾听说，元吉晚膳都没有用…….”
李渊神色不愉：“饿他两顿也好。都是你这些年纵容他，他是越来越不懂事！”说罢拂袖而去。
次日，李元吉依然不肯进食，他一直躺着，无事可做反而更觉得饿得难受。他忽然听到有脚步声传来，心想不好，一定又有人过来劝他用膳了。原本就饿，别人再劝只怕更觉得饥饿。
来人进来许久都没有声音，李元吉也懒得说话。突然，案几被拍的“嘭嘭”作响：“快起来，好好用你的膳，别再给我添乱。”
李元吉听到声音忙坐了起来——来人正是他的父亲李渊。李渊虽然口气强硬，其实心中还是心疼，过了午时，实在忍不住，还是亲自到了儿子的寝殿。
李元吉见父亲前来，大喜，小声道：“儿臣让父亲操心了，只是大哥……”
李渊瞪他一眼：“我再饶你一次。你也别再装神弄鬼，想方设法要挟我，我要等宇文颖回来再做打算。”
宇文颖是李渊派去调查杨文干的使臣，蹊跷的是，他到了庆州不久，杨文干竟然真的反了。想到这里，李元吉冷笑道：“儿臣只怕，宇文颖回不来了。”
李渊心中一震，不再多言，转身出了寝殿。