轩辕做上共主之位后，也十分认真负责，玉鼎陪了他一年后就离开了，三教弟子也到了出关的时间，更主要轩辕要学会自己处理事情，孩童就像风筝，长辈的庇护和关爱就像牵着风筝的线，虽然有约束，却可以让风筝飞的更久更高，但是如果太过的话，用麻绳放风筝是一定飞不起来的。
三教弟子出关后齐聚昆仑山，三清一看众弟子，除了黄龙、多宝进步比较多，玄都也还过的去，其它几乎没有精进。大怒！大伙被三清轮着训斥，原始更是发飙，狠狠训斥了他们长达3年之久，吓的三教弟子半死，最后三清定下规矩，等人皇轩辕证位后，他们全回自己的仙府闭关，在玄门大劫结束前不许串门全去闭关。
燃灯正好这时候也出关，就听见原始大发雷霆，三清冷冰冰规定三教弟子不许串门，心下一惊想到：三清恐怕出问题了，正想说话就发现，多宝和黄龙居然也达到准圣，玉鼎的修为依旧看不透，却是有点灰心，本想自己这次出关，凭自己准圣修为多少会得到原始青睐，没有想到多宝和黄龙也准圣了。燃灯还在郁闷中，通天和老子就带着自己的弟子离开了，原始看了眼燃灯淡淡说：“你不错！”就闭上眼睛。
大家一看原始这样，都退出大殿，燃灯看了下大伙：“老师怎么了？”
文殊没有好气：“生气了，还能怎么了？”众人被骂的有火不能发，就这燃灯没有被骂还被表扬，大家看燃灯的眼神那是非常不友好的。再想到燃灯一回来就闭关，都觉得燃灯简直就是故意卖乖给老师看，好让他们成为反面教材。
道行阴阳怪气：“副教主您倒是不必担心，老师都说了您不错。”
玉鼎有深意的看下燃灯，对大家说：“各位师弟回去吧，等人皇大劫一过就闭关，下次大劫是否平安实力才是最重要的，现在就等着帮人皇过劫还因果！”大家一听大师兄发话，一个个都走了。
燃灯对玉鼎说：“大师兄这是发生什么事情？”
玉鼎叹口气：“就和你看到的一样，唉！道友你也不要随便去师叔门下那串门了，省得师父不高兴。”燃灯点点头想：果然出问题了！看来自己要打算一二才是。
黄龙跟着玉鼎回玉泉山，孔宣和玉泉都出关了，玉鼎看他们修为精进也很是欣慰，黄龙也修炼了玄功，平时就和孔宣、玉泉在一起切磋，三人进步也不小。
轩辕在玉鼎离开后，轩辕在和长老们管理时候，发现土地不好丈量也不好管理，便想出一办法以步丈亩，以防争端，将全国土地重新划分，划成“井”字，中间一块为“公亩”，归政府所有，四周八块为“私田”，由八家合种，收获缴政府。又钻土凿井灌溉田地，对农田实行耕作制，及时播种百谷。
轩辕三十的时候，一个春天，轩辕巡查时候走到一园子，看见一女子在养蚕，轩辕看到在她的身上穿着一件金色彩衣，闪着轻柔、温和的黄光，地面上堆着一堆蚕茧。很好奇就问：“汝为何人？汝身上穿的是何物？竟如此华美。”
少女回答：“我叫嫘祖，衣服是这蚕丝制成的。”
轩辕一听：“如何制成？很难吗？”想起人们还在过着夏披树叶、冬穿兽皮，一年四季衣不蔽体的生活，轩辕想到，这衣服不但美观还能御寒，如果族人都可以穿上这华丽的衣服，那有多好。
嫘祖认真的述说：“植桑养蚕、抽丝织绸的道理。”
轩辕觉得这女子很是聪明，回去后和大家一商量，便像嫘祖提亲，嫘祖也觉得轩辕一心为民，是个很好的共主就同意了，结婚后她向百官和百姓传授育桑养蚕的技术。还组织一大批女子上山育桑养蚕织丝。
嫘祖很快又遇到了一个大难题，蚕养了很多，茧也产了不少，但抽丝和织帛却有了困难。就在这时，群女中有一个身材矮小、皮肤黝黑、面部丑陋的女子发明了缠丝的纺轮和织丝的织机。轩辕得知后，对此项发明大加赞赏，让她给众人传授技艺。后来在嫘祖的撮合下，轩辕娶了这位丑女，作为次妃，这位次妃被后人尊称为嫫母。
这时候有人汇报说九黎族长蚩尤和兄弟81人，英勇不凡部落发展迅速，轩辕听后很是高兴，让人请蚩尤前来。蚩尤得到共主邀请很是高兴，他也想见见天下共主。伏羲请神农后传位，神农请轩辕后传位，九黎部众都觉得轩辕要传位了，轩辕和蚩尤一番长谈，发现蚩尤好蛮力喜杀伐，当一部落之长善可，如何可以交予天下，却是不提传位事情，好好招待了蚩尤，便让他离开。
蚩尤回去后，族人问起情况，蚩尤便说了，大家都不明白共主这是什么意思，有九黎族人打听后才知道，轩辕觉得蚩尤杀伐气太重，不适合当共主，蚩尤本没有想当共主之心，但是轩辕的话让他很生气。勇猛如何有错？不这样如何保护族人，有人给蚩尤建议用武力让共主知道，他们才是对的，蚩尤决定要攻打轩辕，让轩辕知道只有勇猛才可以保护族人，才能给人族带来希望，证明勇猛才是最重要的。
蚩尤起兵叛乱，一路的征战激发了体内巫性，原来九黎部落，是洪荒时候巫族和人族生下孩子居住的地方，由于他们有巫族的血统，没有遭到巫族的屠杀。血统觉醒后得到巫族传承，看着拥护轩辕的人数众多，蚩尤决定去祖巫殿寻找巫族帮忙。
蚩尤带着他81个兄弟来到北俱芦洲，见到了刑天，说出想法，刑天一听也很是心动，但想到共工和老师的话，却是又不敢轻易答应，最后决定让蚩尤和族人说，愿意去的去，不愿意的留下。不少巫人跟着蚩尤离开。
蚩尤带着巫人回去后，就直接向轩辕下战书，一路打去。轩辕征召各族族长兵马讨伐蚩尤。历经15旬后，也未能打败蚩尤，只好退兵。
为此轩辕忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以灭蚩尤。有人提出请圣师前来，轩辕叹气：“吾连共主都当不好，如何有面目见老师，再说怎么可以为我共主之位，劳烦老师出手。”大家沉默不语想到：找圣师帮忙好像是不大好，都是自己人之争，如何劳得圣师出手，也觉得没有脸面去说。
有一天晚上，轩辕梦见大风吹走了天下的尘垢。接着又梦见一个人手执千钧之弩驱羊数万群。醒来后，心觉奇怪。暗想，风，号令而为主；垢，是土解化清，天下难道有姓风名后的人吗?千钧之弩，是希望为能致远，驱羊数万群，是牧人为善，难道有姓力名牧的人不成?于是便派部下在天下到处访寻这两个人。结果在海隅找到了风后，在泽边找到了力牧。轩辕以风后为相，力牧为将，开始大举进攻蚩尤。
在涿鹿郊野，两军摆开阵势大战。蚩尤布下百里大雾，三日三夜不散，至使轩辕兵士辨不清方向。黄帝便令风后造指南车，暂时收兵。