从渡口败退的赤松军和浦上军几乎没有获得喘息的时间，就被一路追击而来的武田军撵着屁股追打，根本没有机会组织防御，便已经让武田军突入了长福寺中。凶悍的甲斐人不是他们能抵抗的，没过多久，长福寺大半区域便已经被武田军占领。赤松军和浦上军见状也再无战意，乱哄哄地从长福寺周遭逃了出去。
而就在这时，北军的增援也匆匆抵达——驻扎在随林寺西边的东寺内的大友军已经闻风而来。这一支在第一次京都合战里大放异彩的九州军队，迫不及待地想要在素有善战之名的武田军头上拿下新的战果，作为大友义镇争权的功绩。与此同时，驻扎在长福寺以北的愿教寺内的大内军和毛利军也展开行动，以毛利军为先导，南下增援长福寺。
「上一战的冤家都凑齐了。」武田晴信扫视了一圈战场，随后便一挥军配：「杀出去，向西迎击大友军！通知今川家的治部殿下，接过阵地，替我挡住毛利军和大内军。」
「太危险了，主公！」内藤昌丰闻言赶忙拦住武田晴信：「这种场合，怎能将侧翼交给友军？万一……」
「不会有万一的，今川治部和那些机关算尽的大名们可不一样，怎会做出出卖友军的事情？更何况是我这个朋友？他会不顾一切地掩护我的。」武田晴信却是信心满满地大笑道：「给我冲阵，不用担心！」
另一边，今川军中。
「包在我身上吧。」收到武田晴信的传令通知后，今川义元立刻挥师西进，把东山桥桥头的阵地让渡给了随后抵达的北畠军——其后，斋藤军、织田军和北条军也在等待渡河，不过进度很慢，看起来不情不愿。但今川义元并不在意，转身便绕着长福寺北上，横向列阵，准备沿着街巷构筑防御阵地，抵御毛利军和大内军的攻击。
毛利元就看到今川军军容齐整、装备精良，顿时没有了硬碰硬的打算。他一面派小早川隆景向身后的大内军请求援军，一面同样开始寻找有利地势布防。可陶隆房显然没有允许毛利元就消极怠工的意思，对他这「耍滑头」的行为非常不满，当场对小早川隆景呵斥道：
「毛利元就这是什么意思？主家的命令是让你们进攻，难道敌人比你多就不进攻了吗？这就是毛利家的武道吗？」
「尾张殿下还请息怒，在下这就回禀父上。毛利军并无此意，只是害怕贸然进攻遭遇不顺，耽误了主家的战略。」小早川隆景赶忙俯身谢罪，赔着笑脸为毛利元就开解道。
「这不是你们该操心的。」陶隆房冷眼瞪了小早川隆景一眼。
小早川隆景转身离开后不久，毛利军只得不情不愿地发动了进攻。可是迎接他们的不只有箭雨，还有今川军装备的数百铁炮。狭窄的街巷间，根本没有什么突破的机会，只是白白丢下一地尸体，毛利军就不得不暂缓了攻势。
就当毛利元就有些苦恼地回头，想着该如何向陶隆房解释时，却意外地发现陶隆房的马印已经不在他身后了。左右环顾一下，也都未找到。转过头来定睛一看，才发现它已经出现在了己方的东南——陶隆房带着大内军直接绕开了长福寺，直奔东山桥而去，想切断南军的退路。
驻守在东山桥头的北畠军看到来势汹汹的大内军后，赶紧向河对岸的友军示警。第一个过河的是织田军，北畠军本想让他们分担一部分的防御阵地，然而织田信长却看都没看北畠晴具一眼，带着人直接往西南的方向绕去。
「织田家这混账少主！尾张的大傻瓜，真是名不虚传！」文雅的北畠晴具不擅长骂人，绞尽脑汁也只能骂出这种程度的话了。上一战里就是织田军乱跑，把整个东岸搅得一团糟，害得北畠军和筒井军被大友军给突了个七零八落。这一次，在这紧要关头，织田军又抛下友军乱冲，北畠晴具真的
恨不得掐死他。可陶隆房可不管那么多，带着大内军就已经扑了过来。北畠晴具只得抖擞精神，奋力抵抗人数是自己两倍有余的敌人。河对岸的北条纲成倒还算是个厚道人，没有太见死不救，而是按部就班地过了河，护住了北畠晴具那单薄的战线。可斋藤道三可就没那么好心了，慢悠悠地在河对岸整队列队。
但陶隆房没有想到这么多，看到斋藤军在河畔列阵时，误以为他们是想要隔着鸭川向河西的大内军放箭，便抢先一步，拉出几队弓箭手来到鸭川西岸，对着斋藤军先放了一轮箭雨。这一下斋藤军的武士们可不敢怠慢了，也是带着部下张弓搭箭，回应着大内军的挑衅。
长福寺西，武田军和大友军正斗得不可开交。虽然大友军上下立功心切，可无论是士兵的素质还是武士的指挥水准，都和武田军有着一定的差距。在这拉开阵仗一对一的较量里，渐渐地落于下风。
大友义镇不断地呼叫赤松军和浦上军的支援，希望他们尽早收拢败兵，赶来战场支援。可赤松军和浦上军刚才被武田军冲得太惨，仓促间也整顿不好——就算整顿好了，赤松晴政和浦上正宗也没有兴趣冒着巨大风险来增援大友军——刚刚收拢好的部队再被击溃，就彻底完了。
福无双至，祸不单行，赤松军和浦上军没来，织田军却是来了——他们从长福寺南边绕出，攻占了无人把手的随林寺——这里原来是长尾军的驻地，可由于长尾军渡河支援，如今已经是空无一人。织田信长一边在随林寺里敲锣打鼓，插满了织田军的旗帜，标志着织田军在京都合战里的又一功勋。他随即又率军出寺，直奔大友军的后路东寺而去，想把这座历史最为悠久的寺庙群也给拿下。
大友义镇见状顿感不妙，自己这里被武田军缠住，想要抽身回防怕是没那么容易。没想到，他对面的武田晴信却是比他还担心织田军立功，果断停止了攻势，拉着部队就向后撤。大友义镇也默契地停止交火，全军向东寺方向撤去。
武田军也没有闲着，摆脱了大友军后就提兵北上，同样绕过了今川军和毛利军对峙的阵线，向大内军和毛利军的后路——愿教寺——包抄而去。毛利元就眼看局势大变，匆忙想要回防，可他对面的今川义元可不会像武田晴信那样放敌人离开，立刻率全军发动总攻，登时把毛利军打得节节败退。原本在愿教寺西南整顿散兵的赤松晴政和浦上正宗看到来势汹汹的武田军，顿时也是什么都顾不上了，打着马印扭头就继续北逃。
一旦武田晴信反过来拿下愿教寺，南边的毛利军和大内军就会被全部包围在愿教寺、长福寺和鸭川之间，无险可守、插翅难逃。有今川军这个得力帮手在，武田晴信也不担心没人配合自己进攻啃骨头，这两支部队的斩获是要定了。
就在武田晴信一马当先地冲入愿教寺之际，正对面却骤然闪过一抹刀光。危机之下，武田晴信匆忙举起军配格挡，却被那势大力沉的一劈给险些震落马下。身后的马廻们匆忙挺身上前援护，这才逼退了来犯者。
武田晴信缓过神来后扭头瞪去，发现来袭者正是长尾景虎——和他身后尾随而来的越后骑兵。他们从鸭川东岸脱险后，就一路马不停蹄地奔袭而来，终于从七条大桥上绕回愿教寺，赶上了支援友军，迎头对上了武田军。
「好死不死，怎么每次都是你这厮在和我作对？每次都是你啊！」武田晴信被突然出现坏了好事的长尾景虎给气得火冒三丈，二话不说就指挥全军压上，「给我打！」
「剿灭你这逆贼就是我长尾景虎毕生的事业！」长尾景虎也不二话，扬起小豆长光就亲自带人朝武田晴信冲来，「下地狱去吧！」
另一边，终于驱散了毛利军的今川义元也立刻率领所部北上愿教寺，本来打算配合武田军狠狠地夹击长尾军，却发现东北方向
的新善光寺里又有北军的援军抵达——旗号正是三好家的三阶钉拔。
「冤家路窄。」今川义元一眼看到了三好长庆的马印，大笑着向部下们下令道：「加入战团，抢下愿教寺！」
「甲骏联军，动作真吓人啊。几个时辰的时间，就把我们在鸭川西岸的一线布防打了个对穿。」三好长庆颇为惊讶地看着已经陷入糜烂的战局，冷冷地提兵迎上道：「不过也就到此为止了，休想再突破一步！」