齐昭一系推崇扶桑皇室终于酿成了苦果——当然，齐昭等人可能还志得意满，认为这是坚持了自身主张、终于对与之不和的幕府老中们做出了反击。
安政五年（1858年）三月，廷臣八十八卿列参事件终于发生了：
出于对开国通商的恐惧，在获得齐昭一系的支持后，京都小朝廷拒绝了幕府申请的赦许，正式对《扶桑米人通商约定》说不！
以公卿久我建通、中山忠能、三条实爱、岩仓具视、大原重德等人为首，八十八位所谓的堂上公家集体当面向皇室请命，之后又有一百五十余中下级公卿上书声援，最终使幕府首席老中堀田正睦等人无功而返。
自德川幕府建立以来，这是二百多年来重未发生的大事——京都小朝廷第一次明确拒绝了幕府的重大请求！
因此事幕府的权威受到了重大的打击。
但出于左右逢源的想法，扶桑小朝廷并没有彻底倒向齐昭一边——在继嗣问题的内敕上并没有体现出倾向。
四月二十一日，出使京都的堀田、川路、岩濑等人回到了江户，得知结果的幕臣纷纷哗然，“一向软弱的小朝廷居然拒绝赦许，谁给他们的胆子！”
因此矛头自然指向了一直号召尊崇皇室的齐昭一系，而且相当多的“忠义”幕臣开始对堀田一系不满，认为其过于软弱才给别人留下了可乘之机。
四月二十三日，不满齐昭一系的幕臣联合起来，将彦根藩主井伊扫部头直弼推举为“大老”——根据传统，大老是幕府在非常时期设立的役职，仅设一人，统辖政务、决策机要，位在老中之上。
在此之前，幕府一共有十一任大老，而任命都发生在幕政动荡不安之时。而之前井伊家已经出了六任大老，并且在任上都有所作为，因此新任的直弼被视为挽救幕政危局的希望。
其实，原本大老人选呼声最高的并不是井伊，而是亲藩福井松平家主庆永——自安政四年（1857年）五月起，齐昭一系频繁上书推荐庆永担任此役职。结果一年后，井伊横空出世，将松平庆永挤到一边。
井伊扫部头的上任，宣告了幕政的重大调整，而齐昭一系插手幕政中枢的企图彻底失败。
同时，近几年幕政争斗的焦点——公方样世子的人选和通商约定是否签署，也因井伊的上任而确定了最终结果。
但在这两件事尘埃落定之前，直秀却挨了大老井伊上任的第一刀。
去年，安政四年（1857年）七月，白主大胜入侵的鲁西亚水军，将四艘战舰里的三艘打沉，击毙、俘虏大部。之后，白主奉行崛直秀主动到江户等待幕府处置，但因鲁人一直未前来交涉，此事一直悬而不决。
安政五年和历五月，新任的大老井伊扫部头带头对此事进行了决断——白主依理反击，大胜有功，奉行所诸人皆有封赏：
其中，白主奉行崛直秀赏知行一千石，崛家一跃成了两千两百石的大身旗本；
白主奉行并江川英敏也增加了两百石，石高成了八百；
而且，在取得直秀同意后，幕府将大久保利济、村田永敏、中滨万次郎三人由陪臣变为旗本，家禄都是五十石——大久保是白主町奉行，村田是陆上大番头，中滨万是水军大番头，三人都是奉行所中坚。这明摆着是幕府要收权，直秀哪敢不同意。
同样，白主的其他组头、番头也被转为德川家的御家人谱代。
至此，从形式上看，白主奉行所和其它远国奉行所一般无二，彻底纳入了幕府的掌握。
按理说，幕府“大老”掌握大
政，一个小小的远国奉行所还惊动不了这样的大人物，但因为涉及与南蛮鲁西亚的争斗，井伊扫部头出面过问也出师有名。
而此事完结后，取得的效果非凡：
人所众知，大老井伊的倾向是开国通商，与要求强硬对外的齐昭一系不睦。但他一上任就奖励了与鲁人开战的白主，丝毫不顾及南蛮人可能的反弹。
井伊此事办的依理依例，连齐昭一系都无话可说，于是在幕臣中声望大涨。
但被从身上刷了声望的直秀就倒霉了——虽然升了家格，但实际上是明升暗降。他却被留在了江户，以旗本寄合席等待新的任命，白主奉行的役职正式转给了原本的副手江户英敏。
旗本寄合席又称交代寄合，是给予一些重要幕臣以等同大名的位格，方便这些人参与幕政。
一部分的旗本寄合是家格，也就是无论家主是谁都是这个待遇；还有一部分就是直秀这样，只是个人待遇——比如直秀万一挂了，他儿子福太郎就享受不到这个旗本寄合的资格。
成了闲置的旗本寄合后，直秀只能结束“因病休养”，然后在每月的月初几天登城议事。
不过他出身低微，大名和幕臣都不怎么愿意理他，所以他只能在柳之间装透明人。
按理说，直秀不至于如此凄凉。
但也不知道是身体一直不好还是直接忘记了直秀这个人，公方样家定一直没有召见直秀。连恩旨时，也是高家代为进行的。
而作为御医的伊东玄朴最近也很忙——人一直待在江户城不回家，与直秀之间连书信都断绝了。
长崎奉行小栗忠顺今年在国不在江户，而兼任了外国贸易挂的坦庵先生，则忙于在韭山炼钢铸大筒，早就请旨等闲不回江户。
至于和白主交好的四家大名：
岛津家主齐彬今年没有参觐交代；
佐贺的算盘大名则对直秀不冷不热——锅岛齐正是新任大老井伊扫部头的好友，此时春风得意，哪里顾得上理直秀这个小虾米；
至于宇和岛的伊达宗城，倒是不愧其长袖善舞的名声，对直秀很是亲热。但宗城是齐昭一系的大将，直秀不愿意参和两边的争斗，所以交情也一直没热起来。
而最让直秀失望的是则是土佐山内家。
虽然山内家主丰信举止豪爽潇洒，依稀间有了未来贤侯的风彩，但他于去年拿下了吉田官兵卫参政的位置——要知道官兵卫是直秀和小栗忠顺的好友，因此直秀对丰信难免有了隔阂。
在凄凄惨惨戚戚中，直秀在和历六月初渡过了自己的第一次登城议政。
之后好事坏事一起来了：
好事是，老友相遇——白主奉行所的大久保利济、村田永敏、中滨万次郎三人到江户受封。成为旗本可是大事，他们接到幕府旨意就立即赶来江户了。
可没成想，和直秀升任旗本时一样，他们也没见到公方样，只有诘众出面对他们抚慰了一番。
三人乘兴而来败兴而归，离开江户城后就跑到直秀这里吐槽。
白主虽然违禁的事情越做越多，但一直没有直接涉及到谋逆。
对此直秀一直向大家灌输，“幕府施政过于保守，白主为未来别开生面而已。”这种谎话说的次数多了后，大家仿佛找到了依托；再加上白主奉行所的多数所得都投入军势和民生，用来努力抗击鲁西亚，因此骨干们在表面上都相信了。
不过这事到底瞒不过明眼人，而大久保、村田、中滨都是一时之杰，他们和直秀对此心照不宣而已。
虽然如此，幕府几百年的威望依然对他们有很大影响，因此没有见到公方样，对自诩为英杰的这三位依然造成了不小的打击——虽然知道自己未必会受到重视，但结果真如此这般，心高气傲的这三位也难免感到挫折。
不过，这些和另外一件事比起来，只算小事一桩而已。
1858年5月20日英佛联军攻陷唐人的大沽炮台，26日联军溯白河而上，侵入津门城郊。
这件大坏事很快经咸亨洋行传入扶桑，同时米人特使哈里斯也借传递这个消息的机会给幕府施压。
幕府依然按传统对外保密此事，但江川英敏早就派人密报直秀了。
在参觐之前，为避嫌大久保、村田、中滨三人没有登门拜访直秀，但礼毕之后，他们再也压不住忧虑，立刻登门与直秀商讨应对办法——转仕前或许另有说法，但成为旗本后，三人和直秀同殿为臣，相互交往也就正常化了。
对于一个多月之前发生的事，直秀也很挠头，唇亡齿寒啊，一海之隔发生如此巨变，要说对扶桑没有影响，那小孩子也不信啊。
商议过后，四人一致认为鲁西亚会借此良机讨还一箭之仇。
离开崛家屋敷后，三人立即上书请求返回白主。而幕府这次允许的很快，和历六月中旬三人启程返回北地备战。
同时，唐人受挫的影响也终于严重干涉到了幕政的走向：
等和历七月二日登城议政的时候，直秀和众多大名、幕臣一起忽然得知了几个重大的消息，一时集体失声。
六月十九日，在没有朝廷赦许的情况下，幕府与米人特使哈里斯正式签署了《扶桑米人通商约定》；
同时，幕府中枢正式确认，“原御三家之一的纪州德川家主庆福被立为西丸样”。
至此，争论了好几年的两件幕政大事终于尘埃落定。
而这两样还不是全部，公开通报的消息还有：
一个多月前，英佛联军大败邻国唐人于津门，中华国都因此危急；
五老中联名上疏——在和米人签署约定的第三天，六月二十一日，堀田正睦、松平忠固、久世广周、内藤信亲、胁阪安宅五老中联名上疏京都小朝廷，声称“不等敕许是随机应变的处置。因形势所迫，如失去签约机宜，则英佛舰队必来，扶桑有重蹈邻国覆辙之虞”；
两老中被罢免——六月二十三日，两位老中堀田正睦和松平忠固因拖延签约之罪被罢免；
四亲藩受责——六月二十四日，四位御连枝大名因无故登城被呵斥。当日水户德川两任家主齐昭、庆笃已经尾张德川家主庆胜、越前德川家主庆永，登城质问与米人的约定签署，因非登城日登城，最后大老井伊出面对四人进行了呵斥，暂时禁止四人登城议事；
而最后一条重大消息是鲁西亚战船压境——鲁西亚四艘战船已到中华香江，估计不久就会前来扶桑问罪。
一个接一个的震撼消息把大家都惊呆了！众人再也顾不得礼仪，纷纷议论开来。
虽然四位首领都被禁足，但齐昭一系的其他人依然发起了对幕府中枢的质疑，于是当日和次日的幕府大朝会变成了你来我往的争吵。
不过，七月四日最后一天的大朝会里，一切终于有了结果——幕府正式宣布，齐昭“永蛰居”、庆笃“谨慎”、庆胜和庆永“隐居、谨慎”。
隐居就是家主退位，而谨慎则是闭门思过。
至此，以齐昭一系的惨败告终，持续了五年的幕府内部争斗开始告一段落。